След смъртта на Чарлз за Гъртруд животът внезапно избледнява – вечерното сияние на залез слънце над пустинята вече не е толкова ярко, самотата и тишината сред пясъците вече не са толкова привлекателни, повечето приключения вече са... приключени за нея. Тя е на 47 години, няма семейство, нито деца. Не си и помисля да се връща в Англия, защото отдавна е избрала къщата си в Дамаск на брега на река Тигър за свой дом. Работи по основаването и изграждането на Национален музей, продължава да пътува много и да участва в разкопки, но всеки път, откривайки статуя, колона или плоча с различни надписи и изображения, си мисли: „Този, който ги е изработил, отдавна е мъртъв. Ние, които сега ги намираме, рано или късно също ще умрем. Все някога пустинята ще ги погълне отново и после ще дойде някой нов, който ще ги открие, и така ще е винаги. Какъв е смисълът обаче?“

Гъртруд е разочарована от решенията на Парижката мирна конференция в края на войната, особено от преминаването на Сирия под френски контрол. Опитва да се потопи в работата си, но всъщност все по-често посяга към различните „ароматни треви“, с които изобилства нейният близкоизточен рай. Понякога залъгва глада си за адреналин и с по-силни субстанции или с подходящи лекарства. „Не мога да работя, без да взема нещо, и всичко ми е абсолютно непоносимо“ – пише тя в дневника си, без вероятно и да подозира, че това е началото на края.

Горещините на арабските дни и нощи все по-трудно й понасят. Още повече и заради ината й да се облича с европейски дрехи – стегнати, многопластови и тотално непригодни за климата. Гъртруд все по-рядко успява да спи добре, пуши все повече, непрекъснато боледува от бронхити и плеврити и все по-рядко излиза навън, защото из града плъзва малария. През 1925 г. заминава за Англия. Според някои – при лекар, който й поставя диагноза рак на белия дроб. Според други тя е имала усещането, че не й остава много да живее, и си е отишла, за да се сбогува със семейството си.

На 12 юли 1926 г. Гъртруд е открита мъртва в дома си. Оказва се, че е предозирала с лекарство барбитурат, изписано заради много силни болки. Повечето от биографите й обаче смятат, че просто е пожелала сама да приключи с всичко. Още повече че дни преди смъртта си е написала в дневника си, че копнее да се присъедини към своя Чарлз в „страната на сенките“. Погребана е в Багдад.

Сър Хюго Бел никога не приема версията „самоубийство“. „Тя толкова обичаше живота, работата си, Багдад“ – казва той, наема детектив и организира собствено разследване. Безрезултатно обаче, защото няма на света детектив, достатъчно смел, за да последва Al Khatun в пустинята. А точно гласът на пустинята най-вероятно пази тайната както за живота, така и за смъртта й.