40-годишният дизайнер се е самоубил само няколко дни след като почина майка му Джойс. Преди три години неговата близка приятелка Изабела Блоу, която му помогна да стане звезда, също се самоуби. Източник от офиса на Маккуин потвърди скръбната вест и заяви: "Това е трагична загуба за нас. На този етап няма да коментираме от почит към семейството му".

Новината за смъртта му идва няколко дни преди началото на Седмицата на модата в Лондон и няколко седмици преди представянето на новата му колекция на Седмицата на модата в Париж, която беше планирана за 9 март.
Маккуин не криеше своята хомосексуалност, дори описваше себе си като „розовата овца в семейството“. През 2000 г. той се омъжи за партньора си Джордж.